کمیسیون بررسی نشریات کشور که مرجعی است جهت نظارت بر عملکرد نشریات علمی، ارزش گذاری، دادن اعتبار و لغو اعتبار آن ها، آیین نامه ای تنظیم کرده است که در آن اعتبار علمی نشریات علمی توسط وزارت علوم تعییین شده است. در این آیین نامه مقالات علمی پژوهشی به صورت زیر تعریف شده است:

 مجلات علمی پژوهشی به مجلاتی اطلاق می گردد که مقاله های آن ها به ارایه یافته های جدید علمی حاصل از طرح های پژوهشی، پایان نامه ها و رساله های تحصیلی و سایر موارد پژوهشی اعم از پژوهشهای بنیادی، کاربردی، تحلیل، انتقادی، نقد و بررسی علمی کتاب، توسعه ای یا ارایه نظریه یا روش جدید در حل مسائل و توسعه علم یا فناوری که از دو ویژگی اصالت و ابداع برخوردار باشد، می پردازد و با هدف پیشبرد مرزهای علمی و فناوری ارایه می شود."

پس بنا به تعریف بالا مجلاتی که به چاپ مقالات علمی پژوهشی می پردازند مجلات علمی پژوهشی محسوب می شوند. البته تعریف جالب دیگری برای مجلات علمی پژوهشی در آیین نامه انتشار‌، تعیین اعتبار و نظارت بر مجلات علمی دانشگاه آزاد اسلامی آمده است که مجله علمی پژوهشی را به صورت زیر تعریف کرده است:

"مجله‌ای است که بر اساس نظرات حداقل 3 داور متخصص و رتبه گذاری توسط کمیسیون‌، 80 درصد مقالات آن علمی پژوهشی در یک رشته موضوعی بوده و نیز دارای یافته و نگاه جدیدی به موضوع مورد بحث مقاله باشد."

به عبارت دیگر بنا به تعریف فوق اکثریت مقالات مجلات علمی پژوهشی، مقالات علمی پژوهشی هستند. در مورد مقالات علمی پژوهشی در مقاله "مقاله علمی پژوهشی چیست" صحبت کردیم و در آن اشاره کردیم که ویژگی مقالات علمی پژوهشی، گزارش تحقیقات و یا پژوهش هایی است که باید بتوانند حرفی نو در جهان علم بزنند و به سوالی از جامعه علمی پاسخ دهند.  به عبارت دیگر هدف اصلی، جستجو و کاوش حقیقت و کشف مجهولاتی است که تا زمان نوشته شدن مقاله جوابی برای آن وجود نداشته است.

هدف نشریات و مجلات علمی پژوهشی پیشبرد مرزها و محدوده های علم و فناوری می باشد، اینکه بتواند دانش و یافته ای جدید را به دانش بشری اضافه کند و یا دانش قبلی را بسط و گسترش دهد و روندی جدید را به روی جامعه علمی باز کند.

 مخاطبین اصلی این نوع از مجلات قشر دانشگاهی و آکادمیک مانند اساتید، دانشجویان مقاطع مختلف  و همچنین پژوهشگران و محققین مراکز تحقیقی، علمی و پژوهشی می باشند. مقالات منتشر شده در مجلات علمی پژوهشی در جامعه آکادمیک از اعتبار بیشتری برخوردار است و یه این دلیل بسیاری از دانشجویان و محصلین به دنبال نوشتن مقالات علمی پژوهشی هستند.